應用生態工程對於汙染去除目前為世界各國在城市開發中致力發展的方向。土壤中微生物能對於環境中的汙染，以極低的成本與維護進行有效的淨化。然而能夠實際設計這類工法前，背後汙染移除的原理必須先能被充分了解，才能夠提出有效的設計規劃。此外在海岸生態系統，由於潮汐的變化影響，土壤中的微生物反應變化相較於其他生態系統更為多樣化且複雜化，本課程主要探討自然環境中的微生物與生態環境之間的交互關係，可為生態復育，或是工程設計的核心原理。